商學院於民國五十七年成立，歷經吳幹院長、成嘉玲院長、鄧東濱院長、蔡仲平院長、何照義院長、余朝權院長、馬君梅院長、邱永和院長及詹乾隆院長擘劃領導，自一零五年二月起由傅祖壇教授接掌院務。

現設有經濟學系、會計學系、企業管理學系、國際經營與貿易學系、財務工程與精算數學系、資訊管理學系等六個學系大學部與碩士班，並設有經濟學系博士班；為配合政府終身學習教育政策，自八十八學年度起，陸續設置經濟學系、會計學系、企業管理學系、國際經營與貿易學系、財務工程與精算數學系、資訊管理學系碩士在職專班，及商學進修學士班、跨領域學程（科技管理學程、財務金融學程、金融科技學程、國貿管理全英語學程、財經全英語學程）、EMBA高階經營碩士在職專班及國際商管學程，以整合本學院各項資源。為結合產業實務，本學院亦設立商學研究發展中心、企業創新育成中心、東吳大學商學院金融科技開發中心及東吳大學尤努斯社會企業中心等四個中心。

本學院於一零六年二月通過國際商管學院促進協會(The Association to Advance Collegiate Schools of Business，簡稱AACSB)認證，評鑑成為全世界前5%頂尖商管學院。AACSB為國際商管學院認證之首且最具公信力及權威性的商管學院教育認證機構，目前全球有約七百九十餘所大學通過認證，包含美國的哈佛、耶魯、英國的劍橋、牛津大學等名校。本學院繼台大、政大與輔大等校後獲得此國際認證且與全球知名學校並駕齊驅，不僅是商學院榮獲殊榮，更對於東吳大學在國際化與國際間之校譽提升，有積極的幫助。